Mailsuiteで独自ドメインを設定すると、すべての種類のトラッキングで使われているmailtrack.ioの表記が置き換わると思うかもしれません。ですが、独自ドメインのトラッキングが適用されるのはリンクトラッキングのみです。
つまり、Mailsuiteでメールにトラッキング用リンクを挿入すると、そのリンクには独自ドメインが使われます。一方、メールの開封通知とPDFのトラッキングは、標準のMailsuiteドメインを参照したままで、独自ドメインの設定による影響を受けません。
独自ドメインがトラッキング用リンクには正しく表示されるのに、開封通知用のトラッキング画像やトラッキング対象のPDF添付ファイルには表示されない場合、これは想定どおりの挙動であり、設定の問題ではありません。